Kui paganluse ajad möödusid, kui kristluse tagakiusamine lakkas ja seda tunnistati maailmareligiooniks, tundus, et kõik erimeelsused tuleks lahendada. Kuid mõnikord suutsid ainult oikumeenilised nõukogud lahendada tekkivaid konflikte, ümber lükata ketserlikke õpetusi – rahu polnud isegi kiriku sees.
Esimene oikumeeniline nõukogu oli Nikaia kirikukogu, mis kutsuti kokku aastal 325. Selle põhjuseks oli Aleksandria presbüter Ariuse lai alt levinud õpetus. Selle sisuks oli eitada Jumal Isa ja Jumal Poja identiteeti. Ta väitis, et Jeesuse Kristuse lõi Issand, kuid ta ei ole tema kehastus. Selline idee lükkas põhimõtteliselt ümber kõik kristluse dogmad ja seetõttu lükkas kohalik volikogu Ariuse õpetuse algselt tagasi. Uhke presbüter keeldus aga nõukogu otsust õiguspäraseks tunnistamast ja jätkas ustavate poolehoidu.
Siis kutsus keiser Constantinus piiskoppe üle kogu maailma väikeses Nicaea linnas (praegu nimega Iznik ja asub tänapäevase Türgi territooriumil) toimunud oikumeenilisele nõukogule. Mõned kohalviibinud Kiriku esindajad kandsid oma kehale piinamise jälgi,saadud tõelise kristluse nimel. Kohal olid ka Ariust toetavad piiskopid.
Arutelu kestis üle kahe kuu. Selle aja jooksul toimus palju arutelusid, filosoofide kõnesid, teoloogiliste sõnastuste täpsustusi. Nagu legend räägib, tegi jumaliku ime ilming nääklemisele lõpu. Kolme printsiibi ühtsusena tõi ta näite savikillust: vesi, tuli, savi annavad ühtse terviku. Samamoodi on Püha Kolmainsus olemuselt üks Jumal. Pärast tema kõnet paistis kildudest tuld, ilmus vesi ja tekkis savi. Pärast sellist imet lükkas Nikaia kirikukogu lõpuks Ariuse valeõpetuse tagasi, arvas ta kirikust välja, kiitis heaks usutunnistuse ja kehtestas 20 kirikudistsipliini reeglit, määras kindlaks ülestõusmispühade tähistamise kuupäeva.
Aga see kirikukogu pole sellele küsimusele lõppu teinud. Vaidlused kestsid väga pikka aega. Isegi praegu on nende vastukaja kuulda – arianism oli Jehoova tunnistajate õpetuste aluseks.
Lisaks 325. aasta kirikukogule toimus ka teine Nikaia kirikukogu, mille kutsus 787. aastal kokku Konstantinoopoli keisrinna Irene. Selle eesmärk oli kaotada tol ajal eksisteerinud ikonoklasm. Tegelikult tegi keisrinna kaks katset oikumeenilise nõukogu kokkukutsumiseks. Kuid 786. aastal tungisid ikonoklaste toetavad valvurid Konstantinoopoli Pühade Apostlite templisse, kus nõukogu alustas tööd. Pühad isad pidid laiali minema.
Pärast märkimisväärseid trikke, vana kaardiväe laialisaatmist, uute vägede värbamist kutsus Irina siiski katedraali kokku787, kuid kolis selle Konstantinoopolist Nikaiasse. Tema töö kestis kuu aega, pärast selle tulemusi taastati ikoonide austamine, need olid lubatud kirikutes.
Kuid isegi see Nikaia kirikukogu ei suutnud oma eesmärki täielikult saavutada. Ikonoklasm eksisteeris edasi. Ikonoklastide liikumine sai lõplikult lüüa alles aastal 843, Konstantinoopoli kirikukogul.